Anne Pajunens scenkonst kan beskrivas som performance, där musik och teater blandas med röst, elektronik, scenografi och en nära publikkontakt. Föreställningarna är ibland korta iscensättningar av både egna och andra tonsättares vokalverk, ibland längre föreställningar som tar hela rummet i anspråk och involverar publiken på ett inbjudande, intrikat och innovativt sätt.

När Anne 2009 erhöll det prestigefulla Bob Kelly-stipendien formulerade juryn sig bland annat så här: "...under många år, på ett kreativt och egenisinnigt vis, verkat i gränslandet mellan nutida musik och performance." Hon har framträtt på nutida musikfestivaler, både i Sverige och internationellt, performancefestivaler, klubbar, konsthallar och på musik- och teaterscener. Hon startade också 1994 ensemblen SMOK - Svenska Moderna Operaensemblen, som hon också är konstnärlig ledare för. Anne är verksam som tonsättare och medlem i Föreningen Svenska Tonsättare.

Exempel på aktuella verk/föreställningar:
”Lyssna nu, för jag dör snart (tror jag)!” (ca: 20-30 minuter) En humoristisk och rörande performance”opera” om döden och/eller oväntad lycka. Publiken bjuds in till Fru Silvers begravning där hon själv hälsar gästerna välkomna vid entrén. En telefonsvarare har en viktig roll i händelseförloppet. För röst, live-elektronik och tape.
”To Whom It May Concern” (ca: 35 minuter) En komponerad improvisation för soloröst, live-elektronik och diverse vintageljudutrustning. Verket är ett beställningsverk för SverigesRadio och uruppfördes i P2 dec 2010
”Kruingtsjen och andra superhits” En helt annan slags opera i kammarformat.För soloröst, skivspelare, viola, elektronik och kanske en anstrykning av dans.  Denna enaktare av vokal performance bjuder på ett antal korta berättelser som på ett eller annat sätt hänger ihop med varandra. Bland annat presenteras ett par humoristiska tolkningar på klassiska dilemman som är ständigt aktuella. En form av moderna berättelser runt lägerelden, där vår (teknikrika) samtid sätts i fokus, men med historien obönhörligt närvarande.

På repertoaren finns, förutom egna verk, även vokalverk från John Cage via Georges Aperghis, till flera unga svenska och nordiska tonsättare.

Presscitat:
”En annan scen som griper mig starkt är då videon slås på och visar en dirigent, stående med ryggen mot en tom salong. Inifrån tv:n, till ljudet av trafikbuller, dirigerar han Anne Pajunens figur som sjunger sittandes på golvet. Vilken obehaglig bild av ofrihet och kulturell hjärntvätt!” (Camilla Dal, Gefle Dagblad 27mars 2006)
”Med ett totalt utlämnande av sig själv bjöd hon på performance bortom det vanliga. Denna nakenhet i kombination med det stora sceniska mod vilket hon uppvisade höjde det performativa till stor och upphöjd konst.” (Carl Rehnberg, VF, 11juni2003)
”Det här är stor konst: ett experimenterande med språk som med största närvaro kastar mig rakt ner mot tillvarons bottnar.” (Camilla Dal, Gefle dagblad 27 mars 2006)
”Kvällen innan har hon med sin musikdramatiska performance ”An Ordinary Life” i Blackboxen lämnat ett av de mest spännande bidragen till festivalen” (Leif Larsson, VK 13 juni2003)